- Trung tâm Y tế TP. Biên Hòa được thành lập năm 1989 theo Quyết định số 491/QĐ-UBTP ngày 19/5/1989 của UBND TP. Biên Hòa về việc thành lập Trung tâm Y tế TP. Biên Hòa;
- Năm 2007 đổi tên thành Trung tâm Y tế Dự Phòng TP. Biên Hòa theo Quyết định số 536/QĐ-UBND ngày 07/3/2007 của UBND tỉnh Đồng Nai về việc thành lập Trung tâm Y tế Dự Phòng TP. Biên Hòa; Thành lập Bệnh viện Đa Khoa TP. Biên Hòa trên cơ sở chia tách Trung tâm Y tế TP. Biên Hòa theo Quyết định số 528/QĐ-UBND ngày 07/3/2007 của UBND tỉnh Đồng Nai;
- Tháng 6/2009 đổi tên thành Trung tâm Y tế TP. Biên Hòa theo Quyết định số 1590/QĐ-UBND ngày 05/6/2009 của UBND tỉnh Đồng Nai về việc đổi tên Trung tâm Y tế dự Phòng các huyện, thị xã Long Khánh, thành phố Biên Hòa thành Trung tâm Y tế các huyện, thị xã Long Khánh, thành phố Biên Hòa;
- Năm 2016, cơ cấu tổ chức của Trung tâm Y tế thay đổi do sáp nhập Bệnh viện Đa Khoa TP. Biên Hòa vào Trung tâm Y tế TP. Biên Hòa theo Quyết định số 3327/QĐ-UBND ngày 14/10/2016 của UBND tỉnh Đồng Nai về việc thành lập Trung tâm Y tế các huyện, thành phố Biên Hòa;
- Năm 2017 sửa đổi, bổ sung theo Quyết định 541/QĐ-UBND ngày 23/02/2017 của Ủy ban nhân dân tỉnh về việc sửa đổi, bổ sung Điều 1, Điều 3 Quyết định số 3327/QĐ-UBND ngày 14/10/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai về việc thành lập Trung tâm Y tế các huyện, thành phố Biên Hòa.
- Từ tháng 3/2019, cơ cấu tổ chức của Trung tâm Y tế thay đổi theo Quyết định số 468/QĐ-UBND ngày 12/02/2019 của UBND tỉnh Đồng Nai về việc thành lập Trung tâm Y tế các huyện, thị xã Long Khánh và thành phố Biên Hòa trên cơ sở sáp nhập thêm Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình vào Trung tâm Y tế.
